Iako su domene Bakterije, Arheje i Eukarije utemeljene na genetskim kriteriji , biokemijska svojstva također ukazuju na to da arheje čine neovisnu skupinu unutar prokariota te da dijele osobine i s bakterijama i s eukarionima. Glavni primjeri ovih osobina uključuju:
bakterijska stanična stijenka; peptidoglikan Stanični zidovi bakterija sadrže peptidoglikan. Visual Unlimited / T.J. Beveridge
kada je ww2 započeo i završio
membranski lipidi Bakterije i eukarioti proizvode membranske lipide koji se sastoje od masnih kiselina povezanih esterskim vezama s molekulom glicerola. Encyclopædia Britannica, Inc.
2. Masne kiseline: bakterije i eukarioti proizvode membranu lipidi koji se sastoji od masnih kiselina povezanih ester veže se za molekulu glicerol . Suprotno tome, arheje imaju eter veze koje povezuju masne kiseline s molekulama glicerola. Iako nekoliko bakterija sadrži i eterično vezane lipide, nisu pronađene arheje koje sadrže estrično vezane lipide.3. Kompleksnost RNA polimeraze: transkripciju unutar svih vrsta organizama izvodi enzim zvan RNA polimeraza, koji kopira DNA predložak u RNA proizvod. Bakterije sadrže jednostavnu RNK polimerazu koja se sastoji od četiri polipeptida. Međutim, i arheje i eukarioti imaju višestruke RNK polimeraze koje sadrže višestruke polipeptide. Na primjer, RNA polimeraze arheja sadrže više od osam polipeptida. RNA polimeraze eukariota također se sastoje od velikog broja polipeptida (10–12), s relativnom veličinom polipeptida sličnom veličini hipertermofilne arhejske RNA polimeraze. Stoga arhealne RNK polimeraze više podsjećaju na RNK polimeraze eukariota nego na bakterije.
4. Sinteza proteina: razne značajke sinteze proteina u arhejama slične su onima eukariota, ali ne i bakterija. Istaknuta razlika je u tome što bakterije imaju inicijator tRNA (transfer RNA) koji ima modificirani metionin, dok eukarioti i arheje imaju inicijator tRNA s nemodificiranim metioninom.
5. Metabolizam: razne vrste metabolizma postoje i u arhejama i u bakterijama koje ne postoje u eukariotima, uključujući dušikova fiksacija , denitrifikacija, kemolitotrofija i hipertermofilni rast. Metanogeneza (proizvodnja metana kao nusprodukta metabolizma) javlja se samo u domeni Archaea, posebno u područu Euryarchaeota. Klasična fotosinteza upotreba klorofila nije pronađena ni u jednoj arheji.
odakle je lansiran Apollo 13
Smatra se da su metaboličke strategije koje arheje koriste izvanredno raznolik u prirodi. Na primjer, čini se da halofilne arheje mogu napredovati u visokim solima okruženja jer se u njima nalazi poseban skup gena koji kodiraju enzime za metabolički put koji ograničava osmozu. Taj metabolički put, poznat kao put metilaspartata, predstavlja jedinstvenu vrstu anapleroze (postupak dopunjavanja zaliha metaboličkih međuprodukata; u ovom je slučaju intermedijar metilaspartat). Halofilni arhejci, koji uključuju Haloarcula marismortui , model organizma koji se koristi u znanstvenim istraživanjima, smatra se da je stekao jedinstveni skup gena za put metilaspartata postupkom poznatim kao vodoravni prijenos gena, u kojem se geni prenose s jednog vrsta drugom.
